手に入れたジュエルシードを使い、プレシアは忘れられし都アルハザードへの「時の庭園」の航行を強行する。フェイトがいまだ茫然自失状態にあったが、なのは達はプレシアを止めるべく時の庭園へと向かう。アルフもフェイトに自分の思いを告げてなのはの手伝いに向かう。残されたフェイトは自分の過去の日々を回想し、なのはに言われた「わたしたちのすべてはまだ始まってもいない」という言葉を思い出す。傷だらけのバルディッシュを手に立ち上がったフェイトは傀儡兵と戦うなのは達と合流し、同時攻撃で傀儡兵を一撃の下に葬り去る。そして、なのはとユーノは時の庭園を止めるべく機関室へ、フェイトとアルフはプレシアのもとへと向かった。
リンディが次元震を食い止めることでプレシアを止めたが、プレシアはアルハザードへの道は確かに存在すると言い放つ。クロノやフェイトの言葉も届かず、プレシアはアリシアの入ったカプセルとともに二度と出てこられない虚数空間へと落ちていった。
アリシアが「妹が欲しい」と願っていたからアリシア亡き後にフェイトを産みだしたけれど、フェイトに求められていたのはアリシア復活のためのジュエルシード集めになってしまったという、不幸な親子。
