マイルス・モラレスはある日、蜘蛛に噛まれて特殊な能力を得る。異次元の扉を開こうとするキングピンの企みを防ごうとするスパイダーマン(ピーター・パーカー)の戦いを目撃したマイルスは、ピーターから装置の動作を止めるためのメモリースティックを託され…