宇宙世紀0093、かつてクワトロ・バジーナとして連邦軍とともに戦ったシャア・アズナブルは地球を汚し続ける原因が地球連邦政府にあるとして、地球へ小惑星を落とす作戦を実行する。連邦軍独立部隊ロンド・ベルはこれにいち早く気付き、エースパイロットのアムロ・レイらが出動して阻止に当たるが、5thルナはチベットのラサへと落下した。しかし、連邦首脳はいち早く避難していた。連邦はシャアに小惑星アクシズを譲ることで和平にこぎつけるが、これはアクシズを手に入れるためのシャアの罠で、アクシズを地球へ落とすべく策動を始めた。この動きを事前に見抜いていたロンド・ベルは核ミサイルで再び阻止に動く。激戦の末、シャアのサザビーはアムロのνガンダムの前に倒れるが、アクシズは二つに割れ半分が地球の落下軌道に入っていた。アムロはアクシズを止めるためνガンダム一騎でアクシズへと向かっていくのだった。
宇宙世紀0079に始まったアムロとシャアという宿命のライバルの戦いに決着をつけた本作だが、目立つのは女性たちの活躍。シャアの有能な秘書官ナナイ、アムロを支えるチェーン、リ・ガズィを駆るケーラ、オールドタイプ代表のレズン、そして最初はアムロに惹かれながらもシャアに転がったクェス。特に、クェスの不安定さはハサウェイどころの話ではなくて、もしクェスがアムロと出会っていなければ……と無意味なifを考えてしまう。
三枝成彰作曲の音楽は最高、これでしばらくメインテーマが脳内から離れなかった。作中でメインテーマが流れるのは冒頭ちょっとと、ラストバトル直前なのでむちゃくちゃ盛り上がる。なんか、もっとじっくり観たかったなぁ。