崩壊したホームズ探偵学院の前で、ミルキィホームズと怪盗帝国はアンリエット/アルセーヌ探しを開始、コーデリアが作り出した妄想世界に囚われてしまう。ストーンリバーとエリーの活躍でこの妄想を打ち破った7人は、それぞれアンリエット/アルセーヌに見合った力をつけるために、それぞれの道を歩むことを決める。
相変わらず現実逃避を続けてきたミルキィホームズがようやく現実に向き合った。トイズが使えないままのミルキィホームズが探偵学院を再建したところで何ができるのかは疑問。アンリエットさんの手がかりすらないしなぁ……。4人とカマボコが手を合わせたところにもう1本の手が伸びてきたときはアンリエットさんかと思ったら、第1期最終話以来の森・アーティかよ！結局、お前は何者だよ！
