軍事基地に残された核ミサイルの弾頭除去作戦に赴いた獣戦機隊。そこで、基地から逃げ去る子どもを追いかけた雅人は、彼らが情けない大人たちにかわってミサイルの弾頭を使い、ムゲ帝国のグランバイダーを倒すべく「トリケラトプス」という兵器を作っていた…

獣戦機隊の戦闘能力を高めるべく、葉月博士はヒューマノイドモードの活用を決める。そんなとき、ムゲ帝国側ではデスガイヤー将軍と移動兵器・ギルド要塞の隊長が対立。隊長は単独で天文台攻撃の作戦を遂行しようとするが、ビッグモスの突撃で弱点である背面…